1.国务院组成部门的设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案,经国务院常务会议讨论通过后,由国务院总理提请全国人民代表大会决定;在全国人民代表大会闭会期间,提请全国人民代表大会常务委员会决定。
2.国务院根据宪法和国务院组织法的规定,行使国务院行政机构设置和编制管理职权。
3.国务院直属机构、国务院办事机构和国务院组成部门管理的国家行政机构的设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案,报国务院决定。
4.国务院议事协调机构的设立、撤销或者合并,由国务院机构编制管理机关提出方案,报国务院决定。
5.国务院行政机构设立后,需要对职能进行调整的,由国务院机构编制管理机关提出方案,报国务院决定。
6.国务院行政机构的司级内设机构的增设、撤销或者合并,经国务院机构编制管理机关审核方案,报国务院批准。
7.国务院行政机构增加或者减少编制,由国务院机构编制管理机关审核方案,报国务院批准。
8.国务院机构编制管理机关在国务院领导下,负责国务院行政机构设置和编制管理的具体工作。
9.国务院行政机构的设立、撤销或者合并,由国务院机构编制管理机关事先组织有关部门和专家进行评估和论证。
10.国务院机构编制管理机关应当对国务院行政机构的机构设置和编制执行情况进行监督检查。
国务院行政机构应当每年向国务院机构编制管理机关提供其机构设置和编制管理情况的报告。
11.国务院行政机构违反本条例规定,有下列行为之一的,由国务院机构编制管理机关责令限期纠正;逾期不纠正的,由国务院机构编制管理机关建议国务院或者国务院有关部门对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分:
(1)擅自设立司级内设机构的;
(2)擅自扩大职能的;
(3)擅自变更机构名称的;
(4)擅自超过核定的编制使用工作人员的;
(5)有违反机构设置和编制管理法律、行政法规的其他行为的。